導致小兒尿道下裂發生的原因很多，主要包括以下幾方面：

1、胚胎因素，原始性腺形成以後，胚胎睪丸要分泌雄激素跟苗勒氏管抑制物質，大概在胚胎第8周進行分化，尿生殖竇進行分離。如果在此過程當中尿道閉合不完全，通常會發生尿道下裂；

2、基因遺傳，通常與多基因遺傳有關，重度尿道下裂患者需做基因檢測，明確是否有基因發生突變；

3、其它因素，如環境中雌激素含量、父母雙方是否屬於大齡、有沒有保胎情況、是否是低出生體重兒等。