子宮腺肌症會出現繼發性進行性加重的痛經，就是來月經會肚子痛。大部分女性疼痛的時間是月經前的2-3天和月經後的2-3天，大概1周的時間是最痛的。有個別的女性在月經前1-2週會疼痛，有的月經後也會疼痛。這種痛經多見於深部的子宮內膜異位症，即DIE。可能有內源病灶，有的內源病灶侵蝕到腸壁，甚至是腹膜。病灶可能侵蝕到腹膜的神經，造成月經後也會有一些疼痛，但這種比較少見。有些病灶甚至會植入陰道壁，還有後穹隆，女性在性生活的時候會有性交痛，但是這種症狀比較少見。大部分患者是月經前和月經期1周左右疼痛比較明顯，而且疼痛越來越重，往往需要藥物治療，甚至打針治療。