治療性早熟的藥物主要為GnRH-a，總體較安全，副作用主要有短期和長期副作用，具體如下：

1、在治療過程中有個別患者可能會出現皮疹，基本上在打針後0.5-1小時內出現，故建議首次注射GnRH-a後在注射室或診室觀察1小時，觀察是否出現皮疹、過敏反應等。部分孩子還會出現類似更年期的症狀，如頭痛、面色潮紅或情緒低落。因為患兒原來激素水平較高，注射GnRH-a後激素水平下降，導致類似更年期症狀，但一般都會緩解，無太大問題；

2、極個別患兒可能會出現無菌性膿腫，與藥物裡的輔助成分有一定關係，一旦發生，可以換藥、換部位打，但相對較罕見；

3、有些小孩在打針前內膜已較厚，可能會出現點火效應，即打完後7-10天左右會有陰道出血，但該問題並非特別嚴重，對生殖系統、骨密度以及體塊指數無太大影響。