男性支原體、衣原體的檢查在醫院有多種方法，主要有X線檢查、酶標免疫反應和快速抗原檢測等，方法很多視具體情況選擇。

酶標免疫反應是應用在支原體、衣原體檢查中最為廣泛的方法，具有檢測快速、過程簡單、成本低和能多組同時進行的優點，作為首選的檢查方法。X線檢查也是各大醫院所具備的基本檢查方法，根據通過區別正常人與支原體、衣原體患者的肺部胸片來做診斷，患者肺炎胸片表現為兩側的廣泛間質且肺泡過度充氣、腫脹。快速的抗原檢測也是一種操作簡單、特異性好，結果明顯的檢測方法，是在臨床中監測應用比較多的方法。