手足口病疫苗主要針對腸道病毒EV71型感染引起的手足口病，所以只能預防腸道病毒EV71型引起的手足口病，而引起手足口病的病毒有20多種，不可能每一種病毒均能預防。若寶寶這次感染的不是腸道病毒EV71型，而是其它的腸道病毒，則有可能會出現手足口病。手足口病多數為輕症，僅有輕微低燒，可能出現口腔的皰疹以及手、腳、臀部等皮疹。

部分寶寶會出現重症的手足口病，若得不到及時的控制，可能會引起死亡。而引起重症手足口病的病毒常見的即為EV71型，約佔一半以上，死亡病例里約90%以上由腸道病毒EV71型感染引起。接種手足口病疫苗可大大減少重症手足口病的發生，降低死亡率，儘早接種，讓寶寶儘早產生免疫力，非常有必要。