手足口病患兒自然病程是1-2周，即多數患兒在1-2周內疾病可恢復。小兒手足口病是病毒感染導致的疾病，針對病毒無需使用抗病毒藥和抗生素，只需等待自然病程即可。輕症患兒除發熱和皮疹之外，通常無特別嚴重的表現，無需特別用藥，自然病程多數在1周，皮疹消退時間不超過2周。

如果患兒出現明顯發熱，可使用退燒藥，比如布洛芬或對乙酰氨基酚，通常發熱會維持3-5天，絕大部分不會超過1周，只要患兒不再發燒即可停藥。患兒出現皮疹通常是不疼、不癢、不結痂、不留疤，因此針對皮疹無需任何特別處理，只需要等待自行消退即可。