手足口病傳染源主要是手足口病的患者，患者手或腳上的皰疹內部液體存在病毒，應儘量避免接觸或接觸完後及時洗手。並且手足口病的患者容易出現嘔吐、腹瀉，嘔吐物和糞便也存在病毒，家屬在處理後應及時洗手。

而手足口病患者在嘔吐或腹瀉的過程中，容易在空氣中形成氣溶膠，因此房間需要及時開窗通風，有條件的家庭可對空氣消毒，如紫外燈照射。另外，患者在生病期間用過的餐具、玩具、書本，均有可能被病毒汙染，同樣需要對這些物品進行消毒。