手足口病患者痊癒後仍存在復發可能，因為手足口病感染病毒多種多樣，主要由柯薩奇病毒A型和柯薩奇病毒B型感染導致，還有腸道病毒71型，病毒之間無交叉免疫反應作用。

如果患者此次感染柯薩奇病毒A型，可能下次不會再感染此類型，但可感染柯薩奇病毒B型或腸道病毒71型，導致再次出現手足口病。患者得手足口病痊癒後並非終身免疫，而患腮腺炎、麻疹等疾病，屬於終身免疫，因此應格外注意避免復發。