手足口病是由腸道病毒、柯薩奇病毒或皰疹病毒引起上呼吸道感染的傳染病。一般通過觸摸或者飛沫感染，從口腔黏膜或者密切接觸開始傳染。所以一開始症狀會出現在咽喉部，特別是咽峽兩側會先出現紅點，逐漸發展成皰疹，後續症狀會表現到手腳，極個別患者會發展到膝蓋以及肛周。 

通常意義上把腸道病毒、皰疹病毒引起綜合症狀，稱之為手足口病。從致病機理與傳染病原體來看，手足口病是以上呼吸道為主的疾病，所以皰疹的症狀，一般都由咽部、咽峽部開始。