手足口病主要是由腸道病毒、柯薩奇病毒、皰疹病毒感染等引起的上呼吸道感染相關疾病，所以先出現口腔黏膜病變，在咽峽部位出現紅點，然後口腔內出現比較瀰漫的紅點，繼而變成皰疹，是口腔病變主要變化。

部分患者也會併發化膿性扁桃體炎，此為併發細菌感染的現象。如果出現類似現象，除針對手足口病的抗病毒治療外，還要對急性化膿性扁桃體炎進行抗細菌藥物治療，同時要保持口腔清潔衛生。