手足口病的主要傳染源是患病期間的孩子，以及攜帶病毒還沒有發病或者發病前的孩子。總之，體內排出手足口病相應的病原體，就可以成為傳染源。考慮到患病的孩子可能會把病毒傳播給他人，如果患手足口病，建議不要繼續上學，因為可能成為傳染源。

最為常見的是各種各樣的接觸傳播，如患病孩子的手摸到玩具或者是其它的餐具、用具，其他人又摸到後沒有洗手，就有可能會傳播手足口病。總之，患病者以及攜帶病毒的人是手足口病的傳染源，因為手足口病絕大多數發生在孩子身上，所以需要格外關注此群體。