嬰兒手足口病的早期初期症狀，可能表現為吞嚥困難、不愛喝水、不愛吃飯，在吞嚥的時候，可能會表現出比較痛苦的表情。另外有些嬰兒可能會出現早期低熱的現象，可能有鼻塞、流涕等感冒症狀。

通常手足口病的早期的症狀並不典型，如果進入手足口病的症狀出現時，主要表現為發熱，同時伴有咽喉部的皰疹、手部和足部的皰疹。另外也有些嬰兒可能會在臀部，或者下肢部出現皰疹的存在，這是比較典型的手足口症狀。如果病合併腦炎、嚴重的心肌炎、肺炎等，除了發熱、皰疹等症狀以外，還可能會伴有心慌、胸悶、呼吸困難、咳喘等表現。如果是比較輕症的手足口病，皮疹可能單純是皰疹的表現，可以不出現發熱等症狀。所以嬰兒的手足口病相對而言症狀有時並不典型，需要醫生及時觀察之後進行確診。