妊娠期甲亢首先需與妊娠期一過性甲亢進行鑑別，如排除一過性的甲亢，對於妊娠合併甲亢的患者，主要是用藥物治療。藥物治療主要有兩種，第一種是甲巰咪唑，第二種是丙硫氧嘧啶。甲巰咪唑可通過胎盤影響胎兒的甲狀腺功能，而丙硫氧嘧啶進入胎盤和乳汁的量非常少，較少引起胎兒或新生兒甲減，所以，丙硫氧嘧啶是治療妊娠期甲亢的首選藥物。診斷妊娠期甲亢的患者，應定期監測甲狀腺功能，一般需每月需監測一次甲狀腺功能、血常規和肝腎功能。對於個別患者，藥物不能滿意控制病情，但又希望繼續妊娠，或是對抗甲狀腺藥物過敏或白細胞減少的患者，可於妊娠中期，即妊娠4-6個月選擇手術治療。