手足口疫苗的副作用較為少見，即使有也都很輕微。通常手足口疫苗接種後可能出現的副作用包括髮熱和注射部位紅腫、疼痛，還有少數患兒會有腹瀉，最常見就是發熱和注射部位紅腫、痛。但是一般在接種後3天內這些不良反應就會消失，所以不必擔心。當然和所有的疫苗一樣，疫苗注射都會存在嚴重的不良反應的可能性，只是發生率很低，比如過敏性休克，這要取決於既往是否有過敏性休克的歷史，如果對於容易過敏的兒童，還是要提高警惕。所以要求所有疫苗接種點都要具有一定的搶救設備和搶救過敏性休克的經驗。兒童在接種完疫苗以後，要在接種點觀察15-30分鐘，確定無明顯異常之後再離開接種點。