慢性結腸炎的治療包括中醫治療和西醫治療，中醫治療一般來講採用有內服藥物、灌腸的治療方法、非藥物療法，可以採用針灸或者穴位貼敷，也都有比較好的療效。內服藥物方面，一般採用辨證論治的方法，多數根據症狀和舌象脈象這樣辨證。
溼熱下注，溼熱內蘊時，可以清利溼熱；肝鬱脾虛時可以疏肝健脾；脾腎兩虛時溫補脾腎，到後期也可以表現為氣血兩虛的情況，要補益氣血。因為不是所有人都用一種方法，這要採用辨證論治的方法。
西醫治療其藥物包括氨基水楊酸鹽類、皮質激素類、免疫抑制劑、微生態製劑和生物製劑，還有其他藥物。其他藥物包括抗生素，短期應用抗生素會有一定的效果，但是不能長期應用。