臨床上部分慢性萎縮性胃炎患者無任何臨床症狀，因此難以獲得確切的發病率。據2004年中華醫學會組織的一個多中心、大樣本的流行病學調查，8000餘例有上消化道症狀的患者中，經胃鏡檢查診斷為慢性萎縮性胃炎者約為17%，經病理診斷為慢性萎縮性胃炎者高達50%。因此，說明慢性萎縮性胃炎的發病率相對較高，且胃鏡下診斷和病理診斷存在一定的差異性。