皮脂腺囊腫手術後可能會在皮膚上留下疤痕，也可能不會，具體是否會留下瘢痕主要與手術切口大小、個人體質、醫生手術熟練程度、術後是否繼發感染、術後是否復發等因素有關。

1、手術切口大小：皮脂腺囊腫可能和皮膚清潔不佳有關，此時局部導管受到堵塞，會出現局部圓形包塊，還會擠出帶有臭味的分泌物。如果囊腫體積較小，進行手術時切口比較小，此時術後出現疤痕的幾率也較低。但如果自身病變部位較大，手術切口較大，此時就可能會出現疤痕。

2、個人體質：受到個人體質的影響，如果自身屬於不容易留下疤痕的體質，在手術之後並不容易出現疤痕，但如果自身屬於疤痕體質，平時出現小傷口就會留下疤痕，此時在術後也會留下疤痕。

3、醫生手術熟練程度：如果醫生的經驗非常豐富，正確沿著皮紋的方向進行切開，此時出現疤痕的幾率較小，但如果醫生的經驗相對較少，在手術過程中沒有切好或縫合好傷口，也可能會容易出現疤痕。

4、術後是否繼發感染：在手術後還應做好個人護理工作，及時進行消毒、換藥，避免傷口進水，如果沒有做好護理，導致局部出現炎症感染，例如出現紅腫、疼痛、化膿等症狀，也會增加疤痕出現的幾率。

5、術後是否復發：如果在手術過程中沒有完全切除病變，在之後的生活中可能會復發疾病，之後再次進行手術治療，也會增加疤痕出現的概率。

此外，還可能與後期護理等有關，如果最終在皮膚上留下疤痕，也無需過度緊張，可以在醫生的幫助下使用多磺酸粘多糖乳膏、積雪苷霜軟膏等藥物，也可以進行激光治療、冷凍治療、手術治療等，治療局部疤痕。