絕大多數人做羊水穿刺沒有影響，部分人可能有微乎其微的影響。做羊水穿刺的目的是除外胎兒的染色體異常，或者除外宮內感染，治療性進行羊水穿刺。

羊水穿刺可能有流產的風險，根據文獻，流產的風險大概是0.5%，這類流產的產婦多數可能有發燒、腹痛或者有其它的情況的發生，通常術後會給予保胎的藥物治療。

較多孕婦可能擔心做羊水穿刺時，穿刺針扎到胎兒，但羊水穿刺是在B超引導下進行，B超能夠看到進針的位置和進針方向。並且穿刺時胎兒有自我躲避的功能，感覺到穿刺針可以產生反射躲避。另外穿刺針本身較小、較細，所以通常不必擔心羊水穿刺對胎兒產生影響。