羊水穿刺可能帶來胎兒丟失風險，羊水穿刺後發生流產、早產風險低於1‰。即如果有1000次左右羊水穿刺，可能會有1次胎兒丟失，發生不良妊娠結局概率較小。

儘管羊水穿刺可能增加宮內感染、胎兒丟失率以及造成出血、胎盤後血腫、胎盤早剝等一系列風險，導致母兒嚴重不良妊娠結局，但並不能一味否認羊水穿刺存在的必要性。對於高齡孕婦、既往有過不良妊娠歷史的女性，此次胎兒的染色體、基因的狀況等，有必要給予相應的染色體的查找與分析，包括羊水穿刺之後的核型分析，甚至還可以進行基因多態性檢測等。