艾滋病腹瀉，通常發生在病程的第三期，稱為艾滋病期，患者每天大便在3次以上，呈稀便或稀水樣便，會伴有腹痛、噁心、嘔吐、食慾不振，伴有發熱，腹瀉持續時間較長，一般在1個月以上。由於腹瀉、發熱、食慾減退，就會伴有消瘦，消瘦的速度較快，通常會減輕10%以上。

患者伴有乏力、消瘦、衰竭、精神萎靡不振，同時合併有機會性感染，比如腸道細菌感染，包括細菌性痢疾、痢疾桿菌感染、沙門菌感染，由於此類細菌感染，患者腹瀉不容易控制。患者可能同時合併有其他器官感染，比如肺部感染、中樞神經系統感染，病毒或真菌造成皮膚的感染，會出現各種皮疹。