艾滋病會影響人體多個系統，主要影響免疫系統。艾滋病病毒進入人體內後，主要在免疫細胞內進行復制，引起免疫細胞破壞。從化驗檢查可看到患者免疫細胞逐漸減少，最終導致免疫系統崩潰，機體出現各種機會性感染和機會性腫瘤。

艾滋病病毒除使免疫系統受到損傷之後，其他系統也會受到損傷，如血液系統、神經系統。部分患者最早發現艾滋病因血液系統出現問題，如因血小板下降到醫院做檢查發現艾滋病。

另外，艾滋病病毒也可進入中樞神經系統，引起中樞神經系統相應損傷，臨床上稱HIV相關腦病，患者會出現神經系統損傷，導致痴呆症狀。HIV病毒還可以引起心肌細胞、腎臟細胞損傷，而導致患者出現相應症狀，如尿蛋白陽性、心肌炎等。