兒童消化性潰瘍大部分在胃、十二指腸，是防禦因子與攻擊因子失去平衡導致，發病原因包括以下幾點：

1、攻擊因子：引起消化性潰瘍是胃酸過多，胃酸過多後屏障功能下降，還有幽門螺桿菌感染，無論是成人還是孩子，幽門螺桿菌感染的影響相當普遍，也是消化性潰瘍的主要原因；

2、防禦因子：胃黏膜在疾病狀態下供血不足引起消化性潰瘍，由於防禦因子下降後導致胃黏膜屏障功能下降，另外，碳酸鹽碳酸以及氫離子也會導致黏膜失衡；

3、其他：部分兒童心理緊張焦慮，學習壓力大，以及兒童的年齡和性別也與該病的發生有關；

4、遺傳因素：父母一旦有消化性潰瘍，其子女發生消化性潰瘍的概率相對更高。