目前艾滋病患者難以治癒的主要原因是艾滋病病毒侵入人體以後會破壞人體的T淋巴細胞，並且寄存於人體T淋巴細胞內。目前的抗病毒治療的目的是清除艾滋病病毒，但是目前的抗病毒治療藥物不能完全清除患者細胞內的艾滋病病毒。所以經過抗病毒治療以後，可以使血液中病毒數量低於檢測範圍，但是寄存於細胞內的艾滋病病毒不能達到完全清除。所以服用抗病毒藥物以後，患者的血液內檢測不到病毒。但是停用抗病毒治療以後，細胞裡面的HIV又通過複製出現反彈。

所以目前艾滋病病毒不能達到完全清除，會導致艾滋病不能完全治癒。但是目前艾滋病可以達到功能治癒，患者需要長期服用抗病毒藥物。