宮頸癌疫苗通常是在上臂三角肌區域進行肌肉注射，注射完宮頸癌疫苗後30分鐘內不能離開醫院，可能會出現過敏反應，如果30分鐘以內，沒有感覺即可回家。注射完宮頸癌疫苗後，注意注射局部可能會出現疼痛或紅腫，甚至出現注射胳膊的疼痛，均屬於正常現象，通常3-5天即可逐漸消失。另外，建議注射完宮頸癌疫苗後，應堅持定期進行宮頸癌篩查。

目前宮頸癌疫苗有二價、四價和九價，二價疫苗注射的方法是0個月、1個月、6個月注射，而四價和九價疫苗的注射方法是在0個月、2個月、6個月注射，上述疫苗均建議在6個月內注射完畢，通常只有注射完3針後，才能產生預防宮頸癌的抗體。另外，注射完疫苗的半年內同房要戴避孕套，一方面是避免懷孕，另一方面是預防HPV病毒(人乳頭瘤病毒)傳染。如果不小心發生懷孕，則要停止注射以後的宮頸癌疫苗，等到分娩以後，或結束哺乳期後再打。