生殖器皰疹目前沒有可以治癒的特效藥，治療主要以緩解症狀，縮短病程及防止復發為主要目的。首選藥物治療，常見藥物有阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋等。

部分患者免疫力低下，可導致生殖器皰疹反覆發作，可採用長期抑制療法，通過抑制病毒的複製，來達到臨床的緩解的目的。