重度甲溝炎治療比較困難，如果治療炎症可以選擇拔甲，尤其合併灰指甲真菌感染，拔甲後可以使用藥物治療，但是拔甲並不能夠徹底預防甲溝炎復發，因此對於重度甲溝炎一般需要進行手術矯正，即甲溝成形術。甲溝成形術目的是將甲溝炎症以及炎症下殘留的甲根、甲床組織徹底去除，並且重塑甲溝，避免術後復發。

甲溝成形術主要治療方法是在手術麻醉後，將重度甲溝炎增生肉芽和肉芽下甲床，以及甲根徹底切除，將炎症組織和炎症增生的甲床組織徹底切除，可以避免復發，並且將甲溝重新縫合，重建外翻甲溝，為術後預防復發打下良好基礎。對於部分重度甲溝炎雙側都有炎症，可以進行指甲兩側的甲溝成形術，可以有效緩解症狀，避免術後復發，是治療重度甲溝炎的首選方案。

重度甲溝炎是治療的難點，容易復發，長期存在容易影響正常工作、生活和體育鍛煉，對於重度甲溝炎的治療方法比較多，但療效欠佳，主要針對甲溝炎病因和嚴重程度進行治療。拔甲術確實在炎症發作急性期具有較好的引流作用，同時部分有灰指甲患者，可以在拔掉後的甲床上塗抹抗真菌藥物，起到治療作用，但拔甲術對於重度甲溝炎，通常隨著指甲重新生長而復發。