甲溝炎化膿後，主要是針對細菌感染進行用藥，常用的藥物如下：

1、消毒藥物：常見的傷口消毒劑是碘劑，包括活力碘或碘伏，可以起到局部殺菌和消腫的作用，酒精也可以使用，70%-75%的醫用酒精可以起到較好的殺菌作用，同時可以使局部消腫，還可以持續性溼敷，達到持續性起作用的效果；

2、外用抗生素：如可以使用紅黴素藥膏或夫西地酸鈉的藥膏進行塗抹，另外甲溝炎化膿也可以使用魚石脂軟膏局部塗抹，魚石脂軟膏有消腫的作用，但是不能長期使用，因為魚石脂軟膏的油性會起到屏障傷口作用；

3、口服抗生素：包括頭孢或沙星類製劑，需要注意沙星類製劑的適應症和年齡的限制。

針對甲溝炎的化膿，除使用以上藥物外，還要配合其他護理和治療措施，才能起到比較好的治療效果。