大蒜是殺菌劑，對甲溝炎有一定的緩解或殺菌作用，但是效果並不強。夏天通過食用大蒜在胃腸道可有殺菌作用，但是甲溝炎的細菌主要位於甲溝深部，食用大蒜可以產生表層的殺菌作用，但是並不能殺滅甲溝內部的細菌，所以大蒜治療並不能夠使得內部炎症得到治療。同時甲溝的細菌類型非常多，大蒜作為一種食物，並不能殺滅所有的細菌，殺毒作用並不如常見的殺菌劑好。

常見的皮膚黏膜殺菌劑，如活力碘、碘伏、酒精的殺菌作用都要強於大蒜，所以並不推薦患甲溝炎時使用大蒜，可以使用正規的、比較成熟的皮膚黏膜殺菌劑或者口服抗生素，從而得到更好的治療效果。甲溝炎形成的主要原因是由於各種原因引起的甲溝部位細菌性感染，感染主要是位於甲溝深部，淺表的細菌會擴散到深部，但是深部的細菌不容易引流出。由於受到甲溝緻密的組織，如指甲非常緻密，又有較多韌帶進行骨牽連，不易使得炎症消散，而容易反覆發生甲溝炎。