甲溝炎出現肉芽腫處理的方法大多是控制感染，進行腫物的切除及指甲拔除等，治療甲溝炎引起的炎性肉芽腫。在甲溝炎發作的基礎之上，由於炎症反覆刺激、長期不癒合，便在甲床周圍形成炎性肉芽腫，肉芽腫經久不愈，觸之有明顯的疼痛和出血。在處理肉芽腫時，要更換比較寬鬆的鞋子，保持足部的通風、乾燥，對於炎症性疾病的癒合比較重要。

同時可以應用高滲鹽水對腫物進行溼敷，儘可能縮小並配合局部和全身應用抗生素，控制感染，腫物也可能逐漸變小。如果處理方法不能使腫物變小，還可以考慮進行炎性肉芽腫的手術切除。如果切除以後，仍然不能傷口癒合，可以考慮進行嵌甲處指甲切除或完整指甲拔除。通過減少對傷口的刺激，再應用抗感染治療，效果更好。