甲溝炎通常屬於細菌性的傷口炎症，很多人有腳氣病，腳氣病屬於真菌的感染，在甲溝炎患者中會有相當的一部分時合併有真菌感染。在治療甲溝炎抗感染、抗細菌同時，也要使用抗真菌藥物，抗真菌藥物以多數以外用的藥膏為主，也有少量的口服。對於症狀不明顯，儘量使用外用藥膏，在碘酒消毒完後每天塗抹幾次抗真菌藥物。

對於嚴重真菌性感染，可適當口服抗真菌藥物，反覆嚴重腳氣，以及指甲有變形、畸形，最好做外科指甲祛除。因為甲床是真菌感染重要的生長來源，甲床祛除以後再使用抗真菌藥物才能比較好的控制甲溝炎，同時也能更好的控制真菌感染。