淋菌性咽炎主要以全身治療為主，最有效的藥物是青黴素類抗生素，可以肌注或口服，根據病情的輕重程度而定。臨床無症狀帶菌者，同樣需要藥物治療，在治療的同時，還要注意病人的隔離，以防止疾病的傳播，淋病治癒的標準是必須兩次塗片和培養均為陰性，才可停藥。

一、一般治療

若性伴侶有淋病，雙方均要進行根治治療，同房使用避孕套，固定性伴侶、儘量避免口交，增強自身免疫力、注意衛生、不與他人共用私人物品等。

二、藥物治療

1、喹諾酮類：

（1）環丙沙星：為廣譜抗菌，對需氧革蘭陰性桿菌的抗菌活性高，對青黴素耐藥的淋球菌具有高度抗菌活性，但對本品及喹諾酮類過敏的患者禁用，可餐後服用，減少胃腸道反應，腎功能異常的患者需要減量。

（2）氧氟沙星：對需氧革蘭陰性桿菌殺菌活性高，淋球菌具有高度殺菌活性，對肝腎功能異常者需要警惕用藥。

2、青黴素類：

（1）阿莫西林：青黴素類，對輕型病人推薦，偶可見胃腸功能紊亂、蕁麻疹、皮疹及過敏反應。

3、肌注藥物：

（1）頭孢曲松：通過抑制細菌細胞壁的合成而產生殺菌活性，需要做皮試後方可用藥。

4、局部用藥：

（1）生理鹽水：進行口咽部的清洗，保持清潔、乾淨。

（2）氯己定漱口水：用於局部黏膜的消毒。

三、手術治療

淋菌性咽炎一般無需手術治療。

四、心理治療

淋菌性咽炎為性傳播疾病，患病者容易受輿論的干擾，容易產生心理疾患，需要心理疏導，正確認識疾病，積極配合治療。