咽峽炎和咽喉炎在臨床上區別較大，咽峽炎在臨床上最常見於病毒性咽峽炎，主要是由於柯薩奇病毒感染所引起傳染性的咽喉炎症。而咽喉炎在臨床上主要是見於急性的咽喉炎或慢性的咽喉炎。急性咽喉炎的病因通常是與乙型溶血性鏈球菌感染有關。

慢性的咽喉炎主要是由於患者局部黏膜免疫力下降及急性咽喉炎未完全治癒，或者扁桃體炎症刺激及上呼吸道炎症刺激所引起。所以咽峽炎和咽喉炎的主要區別，通常是由於細菌或病毒感染的區別，胃酸反流也會引起咽喉的炎症，抑制胃酸治療效果較好，而咽峽炎的治療通常需要抗病毒治療。所以當患有咽峽炎或咽喉炎時，需要及時行電子喉鏡的檢查來排除病因。