人體的免疫器官、免疫功能，是非常微妙、非常複雜的系統。免疫是機體的自我保護機制，免疫性不孕往往是由於患者的免疫功能很強，懷孕後免疫機制啟動，對胎兒進行排斥。甚至有些女性，當精液到達體內後，即可對精子產生排異反應。

此外，如果患者的免疫性不孕較為嚴重，調理也會較為困難，需逐步達到免疫平衡後，才能獲得懷孕的幾率。