通常根據患牙牙髓狀況以及齲壞組織去除程度，需選擇不同治療方法，若在治療過程中能夠把齲壞腐質完全去除，且活力測試正常，方可一次性進行墊底永久充填。

若在臨床上能夠將齲壞組織去除乾淨，但患者懷疑患牙已出現過疼痛，此時牙髓炎無法鑑別，則需先進行安撫治療，後再根據後期情況處理此患牙。此過程通常觀察兩週，若兩週後患牙感覺基本正常，未出現疼痛情況，可以一次性充填治療完成。

若患牙出現疼痛或症狀較明顯，則考慮對患牙進行根管治療。此外若患牙不能去除齲壞組織，已經離牙神經很近，但牙髓活力測試顯示正常，則可以用氫氧化鈣進行間接蓋髓術，待3-6個月以後修復性牙本質形成，後可去除乾淨齲壞組織，再進行充填治療。

深齲指齲病進展到牙本質深層，例如齲洞，臨床上檢查較容易可探查到齲洞。深齲治療主要是去除齲壞組織，且在治療過程中注意保護牙髓，防止對牙髓造成機械和溫度刺激。此外，正確判斷牙髓狀態為深齲治療成功關鍵。