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高位肛門閉鎖能不能恢復正常，要看手術後恢復好不好，要看高位肛門閉鎖有沒有伴發畸形。假如高位肛門閉鎖、盆底肌肉發育還可以，或者整個肛門內外括約肌發育都可以，而且手術操作非常正規，手術以後沒有出現併發症，則恢復非常好。
先天性肛門閉鎖是小兒外科比較常見的畸形，患兒生下來以後沒有正常肛門，是在胚胎髮育過程中消化道發育畸形。患兒不僅沒有正常肛門，可能還會伴有其它先天性畸形，如脊柱畸形、泌尿系統畸形、心血管系統畸形或者骨骼系統畸形等。
新生兒肛門閉鎖也是新生兒比較常見的畸形。這幾年國內產前診斷水平不斷提高，但是要準確診斷先天性肛門閉鎖其實還存在一定難度。主要原因是由於產前診斷方法，只能通過影像學表現，而有創性檢查或者輻射性比較大的檢查，比如CT檢查等，還不建議用於孕產婦。所以產前診斷明確新生兒肛門閉鎖，存在一定難度，但是也不是完全診斷不出來，可以通過間接情況，比如產檢的時候發現羊水過多，或者由於其他原因行MR檢查在某些特定情況下，可能可以看到閉鎖的肛門。之後部分患兒由於合併會有其他畸形，比如心臟畸形、骨骼畸形、泌尿道畸形，這個時候也會高度警惕會不會存在肛門閉鎖情況。部分患兒還可能會合併有染色體異常，通過染色體的檢查也可以作為診斷肛門閉鎖的參考。
在過去肛門閉鎖治療效果不太理想，主要是因為經濟發展的原因，醫療技術水平，還有部分患者家長可能對疾病不瞭解。其實肛門閉鎖現在完全可以治療。根據患兒肛門閉鎖的程度，可以選擇不同的治療方式，如果是低位肛門閉鎖，可以說現在的手術治療相 當成功，而且很成熟，手術也比較簡單。低位肛門閉鎖可以直接在出生之後，行肛門成形。如果中高位肛門閉鎖，可以根據情況，先選擇Ⅰ期腸造瘻手術，以挽救患兒生命，達到根治手術的條件之後，再行根治手術。肛門手術的患兒術後護理非常重要。如果行了Ⅰ期肛門根治手術，比如在新生兒期是由於低位肛門閉鎖直接行肛門成形手術，還有相對年長兒後來行肛門成形手術，術後一定要按照醫生醫囑進行定期擴肛，還有肛周護理。因為肛門是後天人工做出來的，跟先天性正常肛門存在功能上的差異。比如可能早期會出現肛門失禁、汙糞，容易出現肛周感染情況，這時候需要家長進行精心護理。而另一部分患兒由於出生的時候發現是中高位肛門閉鎖，或者合併有其他畸形而行的先行腸造瘻手術，更需要家長進行腸造瘻護理。