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如果病毒性腦炎患者反覆發作，需要確定是否為病毒性腦炎。除臨床表現的頭疼、嘔吐等神經系統體徵以外，患者還要進行頭顱核磁、MRA、腰穿以進行鑑別診斷。尤其是腰穿，其為確定診斷的指標。排除煙霧病、多發性硬化、脫髓鞘病變等疾病以後，對於不同的病因給予不同的治療。
病腦是病毒感染所致，有一定的自限性。所以，大多數患兒在1周左右，可慢慢自愈。但是，也有個別孩子在2周之內，因為2周是急性期，有可能會有反覆的過程。如可能前面治療以後挺順利，後面突然又再重新出現頭痛症狀，可能就會考慮是不是有反覆，會給他複查腰穿檢查。病腦患兒住院 做一次腦脊液檢查，如果腦脊液細胞數升高，會在1周左右給他複查一次。但是，有個別孩子在1周複查的時候，反而細胞數往上升，這種情況就考慮他可能還在急性期，不穩定，這時候就需要繼續住院，最好能夠在他腦脊液細胞數降到正常或者有下降的趨勢，中樞神經系統感染的症狀如頭痛、嘔吐都消失，精神反應也很好，才會考慮出院，至少治療要1周左右。
兒童病毒性腦炎屬於兒科病症中較重的病情，病毒性腦炎後遺症可導致四肢偏癱或繼發性癲癇，影響兒童神經發育並對其生活、學習等方面造成很大影響，應早期及時治療。兒童病毒性腦炎中病毒感染繼發的自身免疫性腦炎約佔20%-30%。普通病毒性腦炎治療方案較簡單，療程較短，自身免疫性腦炎需及時治 療，儘早進行激素和丙球的衝擊，避免症狀加重。
兒童病毒性腦炎後遺症主要與患兒病毒性腦炎感染的部位及影響的腦組織結構有關。普通兒童病毒性腦炎主要影響額葉、顳葉、海馬及島葉等腦組織，治療及時基本上不遺留後遺症，治療不及時影響額葉可出現精神行為異常。如影響島葉可出現自主神經功能障 礙，甚至島葉癲癇發作，出現反覆無明顯誘因嘔吐、心慌、心悸、胸悶等症狀。影響海馬結構可出現記憶力下降、繼發性海馬硬化或出現癲癇易感。影響到顳葉可出現失語。如出現病毒感染繼發自身免疫性腦炎可出現繼發性癲癇、呼吸節律紊亂、肌張力障礙、手抖、腳抖、精神行為異常等症狀。
小兒病毒性腦炎的嚴重程度與病毒侵犯腦組織的範圍、程度有關。輕症腦炎與普通感冒相似，表現為輕度頭痛、發熱、咳嗽，可自行痊癒。重症腦炎多指病菌嚴重侵犯腦組織，易出現後遺症。表現為痴呆、言語障礙、流涎、偏身運動障礙等。嚴重者在急性期可出現生命危險。一旦發現 此類病，應及時到正規醫院治療，通過康復治療，配合中藥、針灸，效果較好。
小兒病毒性腦炎尚無特殊治療方法。臨床上以對症處理為治療原則，如患兒出現發熱、頭痛、嘔吐等症狀，要及時到醫院就診，不應疏忽。病毒性腦炎的臨床症狀並不典型，還需通過腰穿腦脊液檢查進行確診，確診後積極降顱內壓、退熱、抗病毒治療，處理併發症。其中小兒高熱除應 用退燒藥外，還可進行物理降溫，如溫水擦浴、酒精擦浴等。