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二級預防可以有效減少卒中的復發，也要適度和個體化。二級預防的目的是努力改善卒中患者生存期間的體驗和感受，提高生活質量。心源性腦栓塞的二級預防的主要措施是長期口服抗凝藥物，我國指南推薦房顫患者使用適當劑量的華法林，口服抗凝治療以預防再發血栓栓塞，服藥期間需要 監測凝血功能，把血凝指標INR控制在2.0-3.0之間相對安全。新型口服抗凝劑可作為華法林的替代藥物，包括達比加群酯、利伐沙班、阿哌沙班、依度沙班等，具體選擇何種藥物，要由臨床醫師根據患者的病情、個體化因素來考慮執行。如果患者不能接受口服抗凝藥物治療，推薦使用抗血小板聚集藥物，如阿司匹林、氯吡格雷，提醒大家注意，抗血小板聚集藥物是退而求其次的選擇，二級預防首選藥物仍然是抗凝治療。
心源性腦栓塞的輔助檢查主要在於查明是否存在心臟疾病，查明栓子來源，可以做24小時動態心電圖，注意患者有無心律失常、心房纖顫，尤其是陣發性的房顫，用普通的心電圖不容易檢測到，做24小時動態心電圖監測，就增加了查出陣發性房顫的概率；還需要檢查經食道心臟彩超，發現卵圓孔未閉、房間隔缺損、室間隔缺損、心臟瓣膜病等心臟的結構異常；經顱多普勒血流圖（TCD）、發泡試驗可以幫助證實有沒有心臟疾病導致的反常栓塞；如果懷疑感染性心內膜炎引起的腦栓塞，化驗血常規、血沉需要反覆多次進行血細菌的培養。顱腦磁共振、血常規、凝血功能這些檢查在心源性腦栓塞的治療期間，根據病情需要多次進行。
在心源性腦栓塞的超急性期，即發病後六小時內，應該儘快使用溶栓藥物，時間是使用溶栓藥物的第一指徵，如臨床上目前常用的溶栓藥阿替普酶、尿激酶，要求在一定的時間內使用，超過這個時間就沒有機會進行溶栓治療。神經科醫生會根據病情選擇合適的靜脈溶栓藥物，爭取儘快溶解血 栓，如果超過六小時，大部分病人不能溶栓，可以選擇神經介入手術。一定要在發病後第一時間急診入院，目前，大部分醫院都設有卒中中心，保障患者第一時間接診，以最短的時間使用溶栓藥物。溶栓時要注意病人的血壓、血糖不能太高，在一定的合理範圍內，血常規、凝血功能正常，沒有出血傾向，沒有長期口服影響凝血的藥物，沒有在近期做過較大的手術，對於比較大的血栓，藥物難以溶開的，要儘快在溶栓後進行神經介入手術機械取栓，栓子取出來以後，血管就能再通。
心源性腦栓塞急性期的病死率是5%-15%，病死率較高，死亡原因多數是腦栓塞後嚴重腦水腫引起的腦疝，以及合併症、肺炎和心力衰竭、呼吸衰竭等。心源性栓塞相對於其它類型的腦卒中，比較容易發生梗塞後出血轉化。如果出血量大，形成血腫，導致病情加重；另外心源性腦栓塞容易復發，10%-20%的病人短期內發生第二次栓塞，這些復發的患者病死率更高。因此，急性期儘快溶栓、積極治療，穩定期採取抗凝治療，預防腦栓塞再發，可以明顯改善腦栓塞病人的預後。大部分患者經過規範治療後的情況是好轉和穩定的，所以神經科專科的規範治療和預防對心源性腦栓塞的預後非常重要。心源性腦栓塞栓子小，及時溶栓，梗塞面積小的預後較好，栓子大、沒有及時溶栓、梗塞面積大的病人預後相對較差。
心源性腦栓塞分為急性期、恢復期和穩定期，具體掛哪個科室，需要根據病情決定。血流在急性期突然中斷，血栓堵塞血流的時間越長，腦細胞缺血壞死就越多，後遺症越重，時間就是大腦，需要爭分奪秒儘快治療，所以急性期突然發病，不建議在門診排隊掛號，應立即撥打120急診 入院，通過急診綠色通道進入醫院的卒中中心進行溶栓治療，卒中中心通常設在醫院的神經內科，如果需要手術，是由接診醫師聯繫，安排神經介入醫師來進行手術。如果出現大面積的梗塞，發生了腦疝，需要進行去骨瓣減壓術，由接診醫師聯繫、安排神經外科的醫師進行去骨瓣手術，在病情恢復期、穩定期，需要長期預防和隨訪觀察，應該就診神經內科。
腦栓塞類疾病通常稱為急性中風，腦栓塞只是急性腦梗塞中的一種。需要取栓的情況下何時取栓有效即為時間窗。出現腦栓塞都有原因，如患者本身有心臟疾病如房顫、動脈粥樣硬化、斑塊脫落、脂肪栓塞等，這些情況可以導致血管內急性栓塞。急性腦栓塞導致腦梗塞時有非常嚴格的時間窗，即時間有限性。根據現在國際或國內卒中相關指南，前循環即頸內動脈大的動脈栓塞，在6-8個小時以內取栓效果最好，該時間便為時間窗。6個小時進介入手術室，在8個小時以內開通血管效果最好。頸內動脈系統稱之為前循環，如今有很多國際同步研究，超時間窗16-24小時，如果符合該指徵，可以積極進行取栓。後循環即椎動脈的時間相對比較長，大血管的時間可以到24小時，但要進行專業評估病人狀況以及專業取栓治療，讓時間窗控制在醫生治療有效範圍內。
腦栓塞是急性腦血管疾病的一種，是急症、重症，因為顱外其它器官栓子脫落以後進入大腦堵塞血管，引起局灶性神經功能缺損。最常見的是心源性腦栓塞，是因為心臟病變，比如房顫、卵圓孔未閉，還有其它心肌病、風溼等，引起心臟栓子脫落，經過血液循環流入大腦，梗塞了大腦的部分血管，比如大腦中動脈引起的急性 腦梗死。當然還有空氣栓塞、脂肪栓塞、產科病人羊水栓塞、高空減壓病引起的空氣栓塞，以及動脈到動脈栓塞，比如頸內動脈高度狹窄斑塊脫落，引起動脈到動脈的栓塞，還有到椎動脈栓塞也是一種腦栓塞。腦栓塞是腦血管疾病一種急危重症，治療首先要搶時間，因為時間就是大腦，3個小時到達醫院，儘快進行溶栓，3-4.5個小時，根據不同人群嚴格選擇溶栓。還可進行溶栓同時進行動脈溶栓或者取栓以及橋接治療。在有效時間窗內，每一個人如果發生同樣的問題，要及時到醫院來進行救治。每個醫院卒中中心都開展綠色通道，積極救治這類病人，如果超過時間窗，要採取其它治療方法，比如抗血小板、抗凝、調控血壓，嚴重腦栓塞病人形成大面積梗死、腦水腫、顱高壓、腦疝，要儘快轉到神經外科進行去骨瓣減壓，搶救生命。
心源性腦栓塞是由於心臟內血塊脫落，順動脈前行，導致腦動脈堵塞，引發腦梗死。心源性腦栓塞的發生常基於心臟疾病，例如風溼性心臟病、房顫等。因此房顫患者預防心源性腦栓塞，需長期進行抗凝治療，以預防心臟中血栓的形成。心源性腦栓塞可導致患者出現單側肢體癱瘓、不能言語 等症狀，如堵塞血管較大，患者還將出現大面積腦梗死。