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現在已經批准上市的流感疫苗有三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗，三價流感疫苗包括裂解疫苗和亞單位疫苗。亞單位疫苗是經過純化去除內部的亞病毒核心，四價是僅有裂解疫苗，不經過純化步驟，其含有更多的蛋白質，會引起更多的反應。接種流感疫苗是安全的，但會出現不良反應。比如局部反應，接種部位會出現紅暈、腫、痛、硬結、燒灼樣感覺等。全身反應會有發熱、頭痛、頭暈、嗜睡、乏力、肌肉疼、全身痠痛、噁心、腹痛或者腹瀉等。這些症狀通常是輕微的，並且在幾天內都會消失，很少會出現重症反應。現在研究的四價和三價滅活疫苗，在安全性上沒有差別，國產和進口疫苗相比，安全性也沒有顯著差異。
多數疫苗接種安全，只有輕微的不良反應，比如低燒或者局部注射部位反應。這些局部反應主要見於局部硬塊、腫、紅、疼，其實不用緊張，因為其較輕微，2-3天就會消失。較重的比如注射完以後會有高燒或者全身皮疹這種過敏反應出現，要及時去醫院就診。其不良反應主要是由於疫苗中的抗原、微量抗生素 、防腐劑、穩定劑、動物蛋白等引起。所以多休息、多喝水，一般2-3天就能改善症狀。疫苗接種是重要的，大部分傳染病是通過疫苗來阻斷其傳播和發病的。比如狂犬病，如果發病100%會死亡的，但是有了疫苗以後，此疾病就可以被阻斷。打了疫苗以後出現發燒，如果是低燒，比如體溫是＜38℃，多喝水、多休息，保證充足的睡眠，一般都能改善。如果打完疫苗以後，體溫燒到38.5℃以上，要及時到醫院就診，要通過醫生鑑別是注射疫苗後的反應，還是因為合併感染。
流感治療是通過對症治療和病因治療，流感作用機制已經非常清楚，不像普通感冒，病原體沒有明確之前很多藥無效，普通感冒本身也有自限性，流感也有自限性，流感造成的危害要比普通感冒要大，如果出現流感，治療是神經氨酸酶抑制劑、磷酸奧司他韋，目前國內能拿到的藥還有靜脈注射的帕拉米韋，也可以用於對重症流感。還 有其他神經氨酸酶抑制劑，中國可能還沒上市，最多見的是磷酸奧司他韋。在流感季節這個藥賣得非常好，醫生也應該積極推廣這個藥。要早治療早得益，最好在24小時以內服用這個藥，吃晚了效果就會打折扣。重症患者給靜脈輸液的帕拉米韋，其他治療和普通感冒一樣對症治療。頭痛發高燒就給解熱鎮痛藥，也可以用中藥，咳嗽厲害用止咳化痰的藥。基礎治療也非常重要即休息。醫生不主張流感患者去公共場所上班，因為會傳染給其他人。另外休息本身可以減輕流感症狀，使流感痊癒加快。