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噬血細胞綜合徵預後不良，具體生存期因人而異，如不及時治療，多數患者在30天即可出現死亡，如針對病因治療有效，患者可獲得長期生存。
部分噬血細胞可以完全治癒且不再復發，主要取決於噬血細胞的原發疾病，不同原發病決定噬血細胞最終的轉歸。基因缺陷的原發噬血細胞患者，異基因造血幹細胞移植為首選，移植治療成功可以獲得治癒。罕見類型的原發噬血細胞不通過異基因造血幹細胞移植也可達到長期控制，達到很好的治 療效果。獲得性噬血細胞綜合徵是否治癒主要取於原發病，如淋巴瘤相關噬血細胞綜合徵，淋巴瘤得到完全控制，噬血細胞不會再復發。