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對於部分兒童腦腫瘤存在靶向藥物，而所謂的靶向藥就是指對於兒童的腦腫瘤進行基因檢測以後，如果發現某一個對腫瘤的發生發展起著非常關鍵作用的基因，而同時這個基因又有針對它的靶向藥物，則將這種藥物稱為靶向藥。目前對於惡性腫瘤，比如對於膠質瘤，存在BRAFV600E的基因突變，目前在國外已經有靶向藥物上市，也就是如果孩子存在膠質瘤，術後進行基因檢測，發現腫瘤中有BRAFV600E的基因突變，則可以使用靶向藥物，對於腫瘤的控制效果就會比較理想。
對於一些惡性腦腫瘤，放療在治療中發揮非常重要的作用，是決定預後的關鍵性因素，所以對於應該接受放療的病例還是建議放療。放療除了能夠控制腫瘤、改善預後，不良反應可以大概分為兩個方面，首先是近期反應，也就是在放療當時可 能發生反應，比如放療局部的皮膚有炎症或者頭皮的感染、脫髮；影響造血系統，患兒的白細胞下降，即血象下降、免疫力下降；可能出現胃腸道反應，表現為噁心，嘔吐；可能會有神經系統反應，比如局部腦水腫，發生頭疼，甚至發生腦積水，這些均是在放療的治療過程中可能會出現的反應。
放療和化療有不可避免的缺點，比如治療的副反應，放療可能在近期引起局部皮膚的炎症、感染、血象下降、身體抵抗力下降、胃腸道反應，甚至可能造成局部腦水腫，使患者出現頭疼、噁心、嘔吐。當然，放療也有長期的不良反應，比如對神經內分泌、神經認知和生長發育方面可能會有不同程度的影響。
對於一些兒童惡性腦腫瘤，放療非常重要，也就是是否放療是決定患者預後非常關鍵的因素。但是在實際的實施過程中，有些病例對於放療效果並不是特別理想，因為有一些腫瘤對於放療不是特別的敏感。比如後顱窩的室管膜瘤，對於放療的敏感性不 如髓母細胞瘤，所以有些腫瘤因為對放療不敏感，放療的治療效果並不是十分理想。
兒童腦腫瘤術後是否有後遺症，這個問題比較寬泛，需要根據具體的病例具體分析，一般取決於腫瘤位置、大小和周圍毗鄰的重要血管、神經的解剖結構。如兒童的顱咽管瘤位於鞍區，在診斷時往往都已經長得比較大，這時腫瘤可能會擠壓視 神經，造成視交叉，向後方可能會推擠下丘腦，甚至可能和下丘腦垂體柄粘連得非常嚴重，這樣將腫瘤從重要的結構上分離下來，手術以後可能會對這些重要的神經結構或多或少存在一定程度的干擾。
因為近年來隨著基因組學技術的進步，很多兒童腦腫瘤的認識已經到基因層面，也就是不同腫瘤可能有不同基因突變，決定腫瘤有不同的預後，甚至可能會有不同的治療藥物。對於特定腫瘤，目前在基因組學方面的研究已經到相對比 較成熟的階段。對於這樣的病例，基因檢測有必要進行，比如兒童髓母細胞瘤，在2016年世界衛生組織中樞神經系統腫瘤分類中，已經將髓母細胞瘤根據基因突變的不同特點分成了四型，這四型從預後和治療強度方面不同。
對於腫瘤中的特定基因已經研究得比較深入、比較成熟，並且達成共識，這時做基因檢測則非常有意義，做基因檢測有助於判斷預後指導治療。但是針對到某一個具體的基因，在腫瘤中是否發生 突變，這就需要由專業的醫生對結果進行解讀。因為有一些基因突變可能是意味著對某種藥物治療效果理想，但是對於另外一個基因有可能沒有突變，結果為陰性，可能會比發生突變的患者預後較好。因此需要針對不同的基因進行解讀，具體情況具體分析。
因為對於不同病理類型的腫瘤，存在不同的常見突變基因，所以難以一概而論，腦腫瘤的基因檢測項目，比如對於膠質瘤，膠質瘤目前研究的比較深入、比較成熟，而且已經獲得公認的常見基因，比如MGMT啟動子甲基化，IDH1有沒有基因突變，1p/19q有沒有染色體的缺失，以及包括有沒有BRAFV600E的基因突變。所以要根據具體的腫瘤進行具體的分析。
兒童的腦腫瘤是非常寬泛的概念，是一個統稱，具體到顱內腫瘤，病理類型可以達到60-70種之多，而且腫瘤分佈在顱內的不同部位。兒童腦腫瘤從分佈上，有40%-50%的病例是良性的腫瘤，通過恰當的手術治療，一般可以達到臨床治癒。所以，對於兒童腦 腫瘤是否能夠治好的問題不好一概而論，最主要的是取決於兒童腦腫瘤的病理類型。
隨著顯微神經外科技術的進步，兒童腦腫瘤的手術治療效果比較前些年取得了長足的進步，但是對於開顱手術還有神經外科手術，存在不可避免的手術風險。一般在手術前，醫生會根據腦腫瘤的部位、大小和對病理性質的預判，對手術的風險 進行評估，並且會給家屬做詳細交代。兒童相對於成人，身體體量小，身體抵抗力相對比較差，對於手術的耐受性必然比成人差，所以對手術的抗打擊能力也差。但是兒童也有固有優勢，孩子本身在生長發育，自我修復能力也比較強，所以術後有神經功能障礙，可能恢復起來比成人要更快。