由於亞急性甲狀腺炎屬於自限性疾病，可以給予對症治療。如果患者發燒可以給予退燒藥，疼痛厲害時可以給予非甾體類止疼藥，重症患者可以用些腎上腺皮質激素。絕大多數患者都可以恢復至正常，只有3%的患者有可能發生甲減，這時需要用左甲狀腺激素替代治療。
亞急性甲狀腺炎是病毒感染，導致的甲狀腺非細菌性感染性疾病，由於是病毒感染，疾病呈自限性，整個病程2-3個月。患者一開始出現上呼吸道感染的症狀，輕到中度發燒，然後出現頸部疼痛，從一側轉向另一側，然後出現一過性甲亢、一過性甲減以及痊癒期。