亞急性甲狀腺炎是自限性疾病，大多數患者可以不需要治療就能夠痊癒，患者在日常生活中注意保暖、避免感冒即可。少部分患者由於症狀緩解的慢或者臨床表現明顯、炎症面積比較大需要藥物及時治療，避免轉為慢性炎症。治療過程中可以應用非甾體類抗炎藥，如阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等。如果疼痛劇烈、高熱不緩解，或者炎症面積進一步增大，也可以應用糖皮質激素口服或者靜點。
根據患者的症狀和緩解程度來調整藥物的劑量，逐漸減藥，最終停掉。亞急性甲狀腺炎病程中甲狀腺激素水平不斷變化，可能會出現甲狀腺毒症或者甲狀腺激素功能減退症。如果心慌、多汗、腹瀉、消瘦等症狀特別明顯，患者不能夠耐受，可以給予普萘洛爾臨時對症治療。如果浮腫、怕冷等甲狀腺功能減退症的表現特別明顯，也可以臨時給予左旋甲狀腺素鈉替代治療。