亞急性甲狀腺炎的病因並不十分明確，但是一直認為，該病與病毒感染有關，多數患者曾經有上呼吸道感染的病史，可以查到柯薩奇病毒抗體，腺病毒抗體以及腮腺炎病毒抗體等等。