亞急性甲狀腺炎有一定的自限性，所以治療主要是以緩解症狀為主，可以服用阿司匹林等非甾體抗炎藥控制症狀，如果症狀較重，還可使用糖皮質激素。如出現甲亢的症狀，可以考慮口服倍他受體阻斷劑。本病的病程多，在2到3月左右。