亞甲炎一般病程1到3個月可以好轉。極個別的患者有一年到兩年好轉。亞甲炎是內分泌科的常見病以及多發病，是一種自愈性的疾病，依每個人的體質不同好轉的時間有一定的差別。亞急性甲狀腺炎根據病程的發展分為甲亢期、甲減期以及恢復期。亞甲炎首先要注意休息，避免勞累，多飲水，保持情緒的平穩。甲亢期可以給予普萘洛爾口服，甲減期可以給予左甲狀腺素鈉片口服，預後很好。