在治療甲狀腺腫的時候，藥物的選擇多種多樣，甲亢可以應用對抗甲亢的藥物，甲狀腺功能低下可以選用甲狀腺素類藥物。因此，對於甲狀腺腫，所謂的藥物治療根據疾病的情況來具體決定。小劑量碘作為合成甲狀腺素的原料，補充攝入的不足，用於預防單純性甲狀腺腫。
甲狀腺腫，尤其是地方性甲狀腺腫，在目前的中國社會中已經很少見到。因為地方性甲狀腺腫主要是由於長期缺乏碘劑的攝入，由於我國的食鹽大多數是加碘鹽，對於預防地方性甲狀腺腫起到了非常重要的作用。加碘的食物有時對甲狀腺病的患者也不適用，尤其是甲亢的患者，由於碘是甲狀腺素的重要合成原料，如果甲亢患者過多食入含碘食物，對於甲亢的症狀控制十分不利。