橋本甲狀腺炎在甲狀腺的各種疾病中，屬於比較容易治療的疾病。橋本氏甲狀腺炎的發病機制，是機體針對甲狀腺產生的自身抗體，包括甲狀腺球蛋白抗體、甲狀腺微粒體抗體。病變的發生使得甲狀腺組織，逐漸由淋巴細胞所代替，最終導致甲狀腺激素合成分泌減少，機體產生甲狀腺功能減退症。
從抗體出現陰性到發生甲減，時間長短不一，因人而已。有些患者3-5年就出現了甲狀腺功能減退症，有些患者8-10年，甚至終身都沒有發生甲狀腺功能減退症。在沒有發生甲減時，只需要定期複查甲狀腺功能和抗體。發生甲減以後給予左甲狀腺激素替代治療，使低代謝症候群得到緩解。