細菌性痢疾是由於細菌導致的，所以應該選擇敏感性的抗生素來治療。可以經驗性使用喹諾酮類的藥物，同時進行藥敏實驗，及時調整藥物治療。同時應注意避免服用止瀉的藥物以免加重病情。可是適當給予生理鹽水或者葡萄糖鹽水來改善失水的情況，保持水電解質的平衡。