IgA腎病的臨床表現和腎臟病理改變差異很大，有些患者長期預後良好，有些患者則會快速進展至腎衰竭、尿毒症。總體來說IgA腎病患者10年約有20%的患者會進入尿毒症，20年約有40%的患者會進入尿毒症。疾病預後不良的指標包括難以控制的高血壓和蛋白尿，尤其是長期蛋白尿持續在1g以上，以及伴有腎功能損害、血肌酐升高。還有腎活檢時病理改變有較多的腎小球硬化、間質纖維化和腎小管萎縮，或者伴有大量新月體形成，這部分患者是屬於臨床上較快進展到尿毒症的患者。