細菌性痢疾患者，大便常規外觀呈現黏液膿血便或者黏腖樣便，糞質比較少，鏡檢可以看到大量的白細胞、紅細胞、吞噬細胞等等。在應用抗生素之前，可以取新鮮的膿血便標本做細菌培養，儘早及多次送檢可以提高細菌培養的陽性率。用PCR方法檢測便中的細菌核酸，有早期快速的優勢，且適用於在應用抗生素治療後的患者大便標本檢測。